Pierwszym etapem jego trenerskiej kariery było prowadzenie w latach 2003-2006 zespołu Lecha Poznań. Szkoleniowiec po raz pierwszy mierzył się z zespołem z Gdyni w sezonie 2004/05. Miało to miejsce w rozgrywkach o Puchar Polski, o który walczono wówczas w systemie grupowym, podobnym do tego, jaki funkcjonuje choćby w Lidze Mistrzów. W jednej z grup spotkały się właśnie jedenastki Lecha i, drugoligowej wtedy, Arki. Bilans wypadł zdecydowanie korzystniej dla zespołu z Wielkopolski. Na stadionie przy Bułgarskiej było 4:1 dla Lecha (gole: David Topolski, Damian Nawrocik i dwa Piotr Reiss dla poznaniaków oraz Marcin Ignaszewski dla gdynian). Nad morzem padł zaś bezbramkowy remis.

 

W kolejnym sezonie oba zespoły mierzyły się już na najwyższym szczeblu rozgrywek. Jesienią w Poznaniu było 1:1, po golu Krzysztofa Gajtkowskiego dla miejscowych i Andrija Hryszczenki dla gości. W Gdyni zwycięsko z pojedynku wyszedł „Kolejorz”, który po trafieniach Nawrocika 
i Reissa wygrał 2:0.

 

Od października 2006 roku, przez ponad dwanaście miesięcy, Czesław Michniewicz trenował zespół Zagłębia Lubin. W trakcie tego okresu obecny szkoleniowiec Widzewa tylko raz stawał prowadził „Miedziowych” przeciwko Arce. Był to jednak bardzo udany występ jego drużyny, która rozbiła na swoim stadionie gdyńską jedenastkę aż 6:0. Trzykrotnie na listę strzelców wpisywał się wówczas Łukasz Piszczek, a po jednym golu dołożyli: Michał Chałbiński, Manuel Arboleda oraz Rui Miguel. Jako ciekawostkę można dodać, że żaden z piłkarzy, którzy grali w tamtym spotkaniu w barwach Arki nie znajduje się obecnie w jej kadrze.

 

Ten wygrany wysoko mecz z 21 kwietnia 2007 roku jest ostatnią jak dotychczas konfrontacją Czesława Michniewicza z zespołem znad morza. Jak wiadomo, od sierpnia 2008 od kwietnia roku następnego prowadził on jako trener właśnie Arkę. Licząc mecze ligowe oraz o Puchar Polski i Puchar Ekstraklasy na ławce szkoleniowej gdyńskiego zespołu zasiadał w 34 spotkaniach, notując 13 zwycięstw, 10 remisów oraz 11 porażek.